微生物具有容易变异的特性，因而，在保藏过程中，有必要使微生物的代谢处于zui不活泼或相对停止的状况，才能在必定的时刻内使其不发生变异而又坚持日子才能。低温、枯燥和阻隔空气是使微生物代谢才能下降的重要要素，所以，菌种保藏办法虽多，但都是根据这三个要素而设计的。
保藏办法大致可分为以下几种：
1．寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培育基上成长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等，它们有必要在日子的动物、昆虫、鸡胚内感染并传代，此法适当于一般微生物的传代培育保藏法。病毒等微生物亦可用其他办法如液氮保藏法与冷冻枯燥保藏法进行保藏。
2．冷冻保藏法
可分低温冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速冻住（约-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
3．冷冻枯燥保藏法
先使微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下运用提高现象除掉水分（真空枯燥）。
有些办法如滤纸保藏法、液氮保藏法和冷冻枯燥保藏法等均需运用保护剂来制备细胞悬液，以防止因冷冻或水分不断提高对细胞的损害。保护性溶质可通过氢和离子键对水和细胞所发生的亲和力来安稳细胞成分的构型。保护剂有牛乳、血清、糖类、甘油、二甲亚砜等。
4．传代培育保藏法
又有斜面培育、穿刺培育、疱肉培育基培育等（后者作保藏厌氧细菌用），培育后于4—6℃冰箱内保存。
5．液体白腊掩盖保藏法
是传代培育的变相办法，可以恰当延长保藏时刻，它是在斜面培育物和穿刺培育物上面掩盖灭菌的液体白腊，一方面可防止因培育基水分蒸腾而引起菌种逝世，另一方面可阻挠氧气进入，以减弱代谢作用。
6．载体保藏法
是将微生物吸附在恰当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，然后进行枯燥的保藏法，例如沙土保藏法和滤纸保藏法使用适当广泛。